こちらの案内ページにより、

https://bizvektor.com/add-ons/bizvektor-theme-updater/

BizVectorのテーマアップデートを行えるようになったのですが、1.8.20から1.8.21へ実際にアップデートをした際の覚書となります。
こちらアップデートしたところ、テーマのcss類はそのままカスタムが生かされていたのですが、function.phpの中身がさらっと更新され、カスタムしている内容が失われてしまいました。 もちろん、アップデート案内にもある「バックアップをとってください」に従い、カスタムをかけていたファイルのバックアップを取っていたため、カスタムを再度反映することはできたのですが、アップデート後は更新され失われるカスタム範囲が存在するので、注意が必要です。
特にfunction.phpはカスタムの要となるので、バックアップの保存、並びに独自カスタム部分の明言化が必要と思われます。